益生菌主要種類包括嗜酸乳桿菌（Lactobacillus）、比菲德氏菌（Bifidobacteria）及布拉酵母菌（Saccharomyces boulardii）三大類，其中常見菌株有雷特斯菌（B. lactis）、龍根菌（B. longum）、凱氏乳酸菌（Lactobacillus casei）等。這些益生菌必須以活菌形式存在，才能有效發揮促進腸道健康的作用。

優酪乳中的益生菌主要是共生的耐溫性鏈球菌（Streptococcus thermophilus）和保加利亞乳酸桿菌（Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus），兩者互相促進生長，形成優酪乳特有的風味與質地。此外，雙叉乳桿菌、嗜酸乳桿菌及凱氏乳桿菌等也常用於優酪乳生產。

科學實證方面，嗜酸乳桿菌（Lactobacillus acidophilus）是優酪乳發酵的主要菌種之一，研究證實它能定殖於小腸，維持腸道菌群平衡，促進消化吸收，幫助排便順暢，對腸道健康有明顯益處。一般建議每日攝取約10^9 CFU（菌落形成單位）以上的優質乳酸菌，才能達到健康效益。

此外，不同益生菌菌株對疾病的幫助有所差異，並非所有菌株均有效，選擇時應考慮菌種、菌株特性、菌數及科學實證。常見的益生菌如鼠李糖乳桿菌（Lactobacillus rhamnosus）、植物乳桿菌（Lactobacillus plantarum）、嗜乳酸桿菌（Lactobacillus acidophilus）及長雙歧桿菌（Bifidobacterium longum）等，均有助於維持消化道機能及調整體質。

所以，優酪乳中的益生菌主要是耐溫性鏈球菌與保加利亞乳酸桿菌，這些菌種經科學研究證實對腸道健康有益，而益生菌的功效依菌株而異，需確保活菌數量及菌株的科學實證支持，才能達到促進健康的效果。