產後甲狀腺疾病在台灣的長期追蹤與復發風險主要涉及產後3至6個月內的免疫系統調整期，這段期間容易發生產後甲狀腺炎（Postpartum thyroiditis），包括甲狀腺功能亢進階段及隨後的功能低下階段。

產後甲狀腺炎屬於自體免疫疾病，因為產後免疫系統反彈，約有九成患者可恢復正常，但必須定期追蹤檢查甲狀腺功能，尤其是在產後3個月及6個月時檢測甲狀腺刺激素（TSH）以監控復發或功能異常。若未妥善追蹤，可能導致甲狀腺功能持續異常或復發。

產後甲狀腺炎的病程通常分為三階段：

  1. 甲狀腺功能亢進期：免疫系統反彈導致甲狀腺炎症，甲狀腺素過多，患者可能出現心悸、焦慮等症狀。
  2. 甲狀腺功能低下期：隨著炎症進展，甲狀腺功能下降，患者可能感覺疲倦、體重增加等。
  3. 恢復期：大多數患者會在數月內恢復正常甲狀腺功能，但部分患者可能發展成慢性甲狀腺功能低下。

在台灣，醫療建議產後有甲狀腺疾病病史的婦女應定期追蹤，並注意生活型態調整，如避免過量攝取含碘海藻類食品（海帶、海苔等），以減少疾病加重風險。

此外，若孕婦有自體免疫性甲狀腺疾病（如Graves病），新生兒也需接受甲狀腺功能篩檢，因母體抗體可能影響新生兒甲狀腺功能。

所以，產後甲狀腺疾病在台灣強調定期追蹤（尤其是產後3及6個月），透過血液檢查監控甲狀腺功能變化，並配合生活型態調整，以降低復發及長期功能異常的風險。