不一樣，但有一部分意思重疊。
從語法和語意看，本來 和 原來 不是完全同義；它們都可表示「最初、先前的情況」，但 原來 還有「恍然大悟、發現真相」的意思，而 本來 更常表示「按理說、照原先應該如此」或「原先就是這樣」。

一、共同點：都能表示「先前／最初」

  • 兩者都可以說某件事在過去是如此、現在可能已改變。
  • 例如：「這房子原來很舊／本來就很舊」這類用法都在談先前狀態。

二、主要差異：語意重心不同

詞語 核心語意 常見功能 能否表示「突然發現」
本來 原先如此、照理如此、理應如此 強調事先狀態、理所當然、與現況對比 否
原來 原先如此；也可表示「發現真相」 除了先前狀態，還常用來引出新的認知 是
  • 本來 常帶有「按道理就應該這樣」的語感，語氣上比較偏向說話者對情況的評價。
  • 原來 除了表示「最初、先前」，還常用在「原來是你啊」、「原來如此」這種句子，重點是說話者之前不知道，現在才明白。

三、語法上的差異：可搭配的位置與句型傾向不同

  • 本來 常直接修飾動詞、形容詞，或用在句首/句中表「原先就該如此」。
  • 原來 除了可作時間/狀態副詞外，還常出現在判斷或驚覺句中，像「原來是…」。
  • 研究也指出，兩者在某些「表示起初」的用法上可互換，但 本來 通常更主觀，原來 在「發現真相」義上則不能互換。

四、簡單替換感受

  • 我本來以為是你。 → 重點是「先前的認知／預想」
  • 原來是你。 → 重點是「現在才發現真相」
  • 這件事本來就該這樣。 → 有「理所當然」語氣
  • 這件事原來就該這樣。 → 通常不如 本來 自然，容易偏向「我現在才知道」的理解

如果你要，我也可以再幫你整理成 「可互換 / 不可互換」對照表，或用例句做更直觀的比較。