流感病毒的變異會降低疫苗的效力，但透過每年更新疫苗株，可以部分彌補這種影響，維持疫苗的保護效果。

流感病毒屬於容易產生變異的病毒，這種變異主要是抗原漂移（antigenic drift），使得病毒表面的抗原蛋白（如血凝素HA）發生改變，導致疫苗中所含病毒株與實際流行病毒株不完全吻合，進而降低疫苗的保護力。因此，流感疫苗的有效性很大程度上取決於疫苗株與流行株的匹配程度，匹配良好時保護力約為40-60%，不吻合時仍可提供約30-50%的保護力。

由於流感病毒不斷變異，世界衛生組織（WHO）每年會根據全球監測資料預測當季最可能流行的病毒株，並據此更新疫苗配方。然而，疫苗製造需要數月時間，且病毒在流感季節中可能持續變異，造成疫苗株與流行株之間存在一定差距。此外，某些病毒株在疫苗生產過程中（如雞胚蛋培養）也可能產生變異，影響疫苗效力，尤其是A型H3N2病毒。

疫苗的保護力還會隨時間減弱，一般建議每年接種一次流感疫苗以維持免疫力。新型疫苗技術（如mRNA疫苗）正在研發中，期望能提高對變異病毒的保護效果。

所以，流感病毒的變異會降低疫苗效力，但透過年度疫苗株更新和新技術研發，可以維持疫苗的防護能力，減少流感的嚴重程度和流行規模。