流感疫苗的保護效果通常介於30%至80%之間，具體保護力會因年齡、身體狀況及疫苗與流行病毒株的匹配程度而異。成人因流感住院的保護力約為41%，重症住加護病房的保護力可達82%。

流感疫苗保護效果與病毒株匹配密切相關。流感病毒會持續變異（抗原漂移），且疫苗製造需提前數月選定病毒株，導致疫苗株與當季流行株可能不完全吻合（mismatch），進而降低疫苗效力。例如，美國2012至2021年間流感疫苗整體保護效力不到40%，2014年冬季甚至低至19%。

此外，疫苗株的製程也影響保護力，像是A型H3N2病毒株在雞胚蛋製程中容易產生突變，導致產生的抗體對流行病毒株保護力下降。疫苗保護力也會隨時間減弱，尤其是A型H3N2抗體在施打後約5個月內下降較快。

為提升疫苗與流行病毒株的匹配度，近年有利用人工智慧（AI）模型結合病毒演化趨勢與抗原性分析，來更準確預測下一季主流病毒株，期望提升疫苗保護效果。

所以，流感疫苗雖無法達到百分之百保護，但仍是減少流感感染及嚴重併發症的重要手段。其保護力受病毒株匹配、疫苗製程、宿主免疫反應及時間等多重因素影響。