過敏性氣喘的治療藥物主要以控制呼吸道發炎和舒緩氣道狹窄為目標，常用藥物包括吸入型皮質類固醇（ICS）、長效β2受體激動劑（LABA）、白三烯受體拮抗劑（LTRA）及短效β2受體激動劑（SABA）作為急救用藥。 其中，ICS是氣喘控制的基石藥物，能有效減少氣道發炎，LABA常與ICS合用以增強療效，LTRA則可作為輔助用藥，生物製劑（如抗IgE抗體、抗IL-5抗體）則用於嚴重或難治型氣喘。

過敏性鼻炎的治療藥物則以抗發炎和緩解鼻部症狀為主，首選藥物為鼻內類固醇噴劑，因其對鼻黏膜炎症控制效果最佳。 其他常用藥物包括第二代口服H1抗組織胺、鼻內抗組織胺噴劑（主要用於季節性鼻炎）、白三烯調節劑（適用於季節性及持續型鼻炎）、短期口服類固醇，以及鼻內抗膽鹼藥物用於改善鼻涕症狀。治療通常採階梯式原則，輕度患者可先用口服抗組織胺或鼻噴劑，中重度或持續型患者則以鼻內類固醇為主，必要時合併其他藥物。

疾病 主要治療藥物類別 代表藥物或說明
過敏性氣喘 吸入型皮質類固醇（ICS） Budesonide、Fluticasone
長效β2受體激動劑（LABA） Salmeterol、Formoterol
白三烯受體拮抗劑（LTRA） Montelukast
短效β2受體激動劑（SABA，急救用） Salbutamol
生物製劑 抗IgE抗體、抗IL-5抗體
過敏性鼻炎 鼻內類固醇噴劑 為首選藥物，控制鼻黏膜炎症
第二代口服H1抗組織胺 用於緩解過敏症狀
鼻內抗組織胺噴劑 主要用於季節性鼻炎
白三烯調節劑 用於季節性及持續型鼻炎
鼻內抗膽鹼藥物 改善鼻涕症狀
短期口服類固醇 嚴重症狀時短期使用

兩者皆強調抗發炎治療，但氣喘治療更注重氣道功能的維持與急性發作的控制，鼻炎則以局部鼻黏膜炎症控制為主。