育航幼兒園過去曾爆發多起爭議事件，主要集中在教師對幼童的不當管教與虐待指控，以及性侵案件，並引發家長強烈不滿與社會關注。

  • 虐童與不當管教指控：2020年底至2021年間，育航幼兒園有家長發現老師對幼童咆哮、言語威脅，甚至有體罰行為，部分家長及幼童反映老師使用異物攻擊幼童生殖器，情況嚴重。家長委任律師指控園方處理態度消極，調查過程被批評不透明且不友善，甚至有「球員兼裁判」的質疑。

  • 官方調查與回應：台北市教育局與社會局介入調查，確認老師帶班時情緒不妥，對幼童有咆哮行為，但對於是否有持續虐待，園方多次否認。教育局強調，老師個人行為與幼兒園入圍教學卓越獎無關，該獎項評選重點在於教學創新與團隊合作。

  • 性侵案件：2022年起，育航幼兒園發生男性教保員涉嫌連續性侵幼童事件，家長曾反映教育局調查不力，調查報告未及時通知家長，教育局則以保護其他兒童資訊為由拒絕公開調查細節。該案後續進入司法程序，涉案教保員一審被判刑28年。

整體而言，育航幼兒園的爭議事件涉及嚴重的幼童保護問題，官方雖有介入調查並處分相關人員，但家長對調查透明度及園方態度仍有強烈不滿。