疫苗常見的副作用主要分為注射部位反應與全身症狀兩大類。

注射部位反應通常包括疼痛、紅腫、硬塊、腫脹、泛紅、搔癢等，這些反應多在接種後數天內自行消退。全身症狀則較為多樣，常見的有疲倦、頭痛、肌肉痛、關節痛、畏寒、發燒（體溫超過38℃）、噁心、嘔吐等，這些症狀通常輕微且在數天內消失。

不同疫苗間副作用的發生頻率略有差異，例如AZ、莫德納與輝瑞/BNT疫苗中，疲倦、頭痛、肌肉痛、畏寒、關節痛及發燒等7大副作用的發生率各有不同，但整體趨勢相似。此外，少數不常見副作用包括暈眩、淋巴結腫大、食慾下降、蕁麻疹等。

嚴重副作用雖然罕見，但需特別注意，如嚴重過敏反應（呼吸困難、氣喘、眩暈、心跳加速、全身紅疹）、持續高燒超過48小時、嚴重持續性頭痛、胸痛、下肢腫脹、皮膚出血點等，若出現應立即就醫。部分疫苗也有報告罕見的貝爾氏麻痺症（暫時性面部神經麻痺）。

所以，疫苗接種後的副作用多為短暫且輕微的局部疼痛與全身不適，通常不需特殊治療，休息與對症處理即可；但若出現嚴重或持續症狀，應儘速就醫並告知接種疫苗的情況。