蹲式馬桶與坐式馬桶在使用方式上的主要差異，體現在使用姿勢、衛生狀況、便利性與健康影響等方面：

項目 蹲式馬桶 坐式馬桶
使用姿勢 採蹲姿，模擬自然蹲下排便，有助於拉直肛直腸，放鬆括約肌，促進順暢排便，減少便秘和痔瘡風險。 採坐姿，較為舒適且適合長時間使用，尤其對老年人或行動不便者較友善。
衛生狀況 身體接觸馬桶表面面積小，通常無座圈，減少細菌交叉感染風險，較衛生。 座圈直接接觸人體，容易滋生細菌，公共場合使用時有較高交叉感染風險。
便利性 清潔較方便，不用接觸座圈，但使用時需蹲下，對膝蓋和腰部負擔較大，長時間蹲姿不易。 使用方便，尤其適合老人、小孩及行動不便者，但清潔座圈較麻煩。
安全性 蹲姿對部分人（如老年人）可能造成站立困難，存在跌倒風險。 坐姿較安全，適合人口老化趨勢，減少跌倒風險。

總結來說，蹲式馬桶較符合人體排便生理，有助於健康且衛生，但使用時對身體負擔較大且不適合所有人；坐式馬桶則使用便利、安全性高，適合多數人群，但衛生風險相對較高。因此，選擇哪種馬桶多依個人需求、身體狀況及環境條件而定。