腸病毒71型疫苗的副作用主要包括局部與全身性反應，且多數為輕微且短暫的症狀。根據目前台灣兩款主要腸病毒71型疫苗（國光／安特羅生技安拓伏疫苗與高端恩穩健疫苗）的臨床資料整理如下：

副作用類型 國光／安特羅生技 安拓伏疫苗 高端 恩穩健疫苗
全身性
發燒 約10.3% 約23.1%
噁心、嘔吐 約6.6% 約10%
腹瀉 約6.9% 約11.7%
食慾降低 約12.5% 約18.9%
疲勞、嗜睡 約10.7% 約12.4%
局部性
注射部位疼痛 約21.6% 約23.3%
注射部位發紅 約13.4% 約11.2%
注射部位腫脹 約7.4% 約12.1%
注射部位瘀青 約3.9% 約4%

此外，高端疫苗接種後也有部分兒童出現煩躁不安（約20.4%）的情況。

家長常見的疑慮主要包括：

  • 副作用安全性：家長擔心疫苗會引起嚴重不良反應，但臨床數據顯示副作用多為輕微且短暫，且無嚴重副作用報告。
  • 疫苗保護力：腸病毒71型是台灣兒童腸病毒重症的主要型別，疫苗針對此型別設計，能有效降低重症風險。
  • 接種年齡與時機：家長關心何時施打最適合，建議依醫療專業建議及疫苗說明書施打。
  • 疫苗種類選擇：市場上有不同廠牌疫苗，家長會比較價格、副作用及保護力，醫師會依個案建議適合的疫苗。

總體而言，腸病毒71型疫苗的副作用多為注射部位疼痛、發燒、食慾減退等輕微症狀，且疫苗能有效預防嚴重腸病毒感染，建議家長可與醫師討論，評估接種利弊，安心為孩子接種以降低重症風險。