資優班與一般班級分開授課的挑戰與困難主要包括以下幾個方面：

1. 行政與排課複雜度高
資優班通常採用集中式或分散式安置，分散式資優資源班的課表因為學生需在普通班與資優班之間切換，形成所謂的「彩虹課表」，這對學校行政管理造成大量負擔，排課與調度相當複雜。

2. 教學壓力與教師負擔大
資優班教師需準備大量專門課程與考試，且常需犧牲假日爭取更多學習時間與資源，教學壓力遠高於一般班級教師。此外，資優班教學多採密集且快速的講授方式，學生面臨較高的學習壓力。

3. 學生心理與社交挑戰
資優生在資優班內常被置於學術頂尖的聚光燈下，可能忽略其學術外的特質與需求，且班內競爭氛圍可能導致部分學生產生心理壓力，甚至出現對落後同學的負面情緒。分散式資優班強調學生學習人際互動與人格培養，幫助學生學會接納與等待，避免社交孤立。

4. 課程設計與學習成效評估困難
資優班課程並非單純將普通班課程超前，而是設計與普通班不同的資優課程，教師需花費心力串聯課程內容並關注學生生活與情感需求。此外，資優生在普通班的學科成績不應成為唯一評估標準，需從多元角度評估其適應與成長。

5. 家長與家庭支持的重要性
資優教育的成功不僅依賴學校，家庭的支持與配合也非常關鍵，家長需與孩子共同成長，協助孩子在校內外發揮才能。

綜合來看，資優班與一般班級分開授課雖能提供資優生更適合的學習環境，但在行政管理、教學負擔、學生心理社交、課程設計及家庭配合等方面都面臨不少挑戰與困難。