高免疫型流感疫苗（通常指有佐劑的流感疫苗）與一般流感疫苗的主要差異在於免疫反應強度和保護效果。

高免疫型流感疫苗通常含有佐劑（adjuvant），佐劑能增強疫苗中抗原的免疫刺激效果，使接種者產生更高量的抗體，且保護力更持久。臨床研究顯示，65歲以上長者接種有佐劑的流感疫苗後，抗體量比無佐劑疫苗高約1.23倍，抗體增加4倍以上的比例也較無佐劑疫苗多12.7%。此外，有佐劑疫苗在保護力上比無佐劑疫苗多7-63%，能顯著降低嚴重呼吸道感染（減少59.2%）、任何原因住院（減少12%）及肺炎與心血管相關住院（減少39%）的比例。

一般流感疫苗多為不含佐劑的標準不活化疫苗，主要透過疫苗內含的病毒株抗原刺激免疫系統產生抗體，保護力依年齡和健康狀況不同而異，平均約30-80%，健康成年人可達70-90%保護效果，老年人則約減少50-60%的嚴重性及併發症風險。

兩者的安全性均高，副作用多為注射部位紅腫疼痛、輕微發燒、頭痛、肌肉痠痛等短暫症狀，嚴重副作用極罕見。

項目 高免疫型流感疫苗（有佐劑） 一般流感疫苗（無佐劑）
免疫反應 抗體量較高（約1.23倍） 抗體量較低
抗體增加比例 抗體增加4倍以上比例較高（多12.7%） 較低
保護力 較高（多7-63%） 較低
嚴重呼吸道感染減少 減少59.2% 較少
住院率降低 任何原因住院減少12%，肺炎及心血管住院減少39% 較少
適用族群 特別推薦65歲以上長者及免疫力較弱者 一般族群適用
副作用 與一般疫苗相似，安全性高，副作用輕微 安全性高，副作用輕微

所以，高免疫型流感疫苗因佐劑的添加，能提供更強且持久的免疫保護，尤其適合老年人及免疫功能較弱者；一般流感疫苗則適用於大多數健康成人及兒童，兩者均為預防流感的重要工具。