新生兒報戶口線上申請與臨櫃申辦的主要差異在於申請方式、所需文件及申請資格限制：

項目 線上申請 臨櫃申辦
申請資格 新生兒父母雙方須有臺灣戶籍且持有自然人憑證，申請人限新生兒父或母之一 申請人可為新生兒父母、祖父母、戶長、同居人、撫養人或受委託人（需委託書）
所需文件 自然人憑證（含讀卡機或行動自然人憑證）、子女從姓約定書（線上下載填寫並上傳） 新生兒出生證明正本、戶口名簿正本、申請人身份證、印章，若委託他人需委託書及受委託人證件印章
申請流程 透過內政部戶政司全球資訊網24小時線上申辦，完成後會以Email通知進度，可查詢線上進度 親自到戶政事務所現場辦理，完成後可當場領取新戶口名簿（需付工本費）
設籍限制 新生兒必須設籍於父或母其中一方的戶籍地，且新生兒須在臺出生 同線上申請，設籍限制相同
便利性 不用出門，適合忙碌父母，且可同時線上申辦健保卡及育兒補助 需親自到場，適合無自然人憑證或不熟悉線上操作者

此外，線上申請必須在新生兒出生60日內完成，逾期則需臨櫃辦理。

所以，線上申請較為方便且節省時間，但限制較多（須有自然人憑證且申請人限父母），臨櫃申辦則較彈性，文件較多且需親自到場。兩者皆須準備子女從姓約定書，且新生兒只能設籍於父或母的戶籍地。