配方奶粉中蛋白質水解技術的主要優點是能將牛奶中的大分子蛋白質分解成較小的肽段或氨基酸，降低蛋白質的致敏性，幫助預防和改善牛奶蛋白過敏，並促進嬰兒更容易消化吸收。此外，水解蛋白奶粉的營養價值基本不會因水解過程而流失，因為蛋白質只是被分解成較小分子，而非去除部分成分。

水解蛋白奶粉依水解程度分為部分水解和完全水解，完全水解蛋白質分子量小於1000道爾頓，致敏性更低，適用於嚴重過敏嬰兒；部分水解則分子量較大，適合輕度過敏或預防使用。

缺點包括：

  1. 價格較一般配方奶粉昂貴，因為多了水解製程。
  2. 水解蛋白奶粉只能降低因食物蛋白質引起的過敏，無法治療過敏體質或避免環境因素引發的過敏。
  3. 過度依賴水解蛋白奶粉可能延緩嬰兒腸胃對一般蛋白質的適應，長期可能影響腸胃適應力。
  4. 市面上水解蛋白奶粉的水解程度和技術差異大，效果不一，需依醫生建議選擇。

所以，蛋白質水解技術在配方奶粉中主要用於降低過敏風險和促進消化，但其使用需根據嬰兒實際需求和醫療建議，且成本較高且非萬能解決過敏問題的方案。