母乳與配方奶在營養成分上有明顯差異，母乳含有超過400種成分，包括乳糖、脂質、蛋白質、免疫球蛋白、抗體、荷爾蒙、酵素及多種生物活性物質，這些成分能隨寶寶需求調整，促進腸道益生菌生長並提供免疫保護；而配方奶主要模擬母乳的基本營養成分，約含40種成分，通常使用加工糖類替代天然乳糖，缺乏母乳中特有的寡糖（HMO）和多種免疫因子。

具體差異包括：

  1. 碳水化合物：母乳富含乳糖和寡糖（HMO），有助於益生菌生長及抗病毒；配方奶多使用高製程糖或玉米糖漿，缺乏HMO。

  2. 蛋白質：母乳蛋白質易消化且比例適中，配方奶蛋白質來源多為牛奶或羊奶，較難消化且可能引起脹氣，羊奶配方蛋白質較接近母乳且易吸收。

  3. 脂肪與其他營養素：母乳含有DHA、維生素、礦物質及多種生物活性物質，有助於寶寶腦部發育和免疫系統；配方奶則透過添加脂肪酸和維生素來模擬，但仍無法完全複製母乳的複雜成分。

  4. 免疫功能：母乳含有免疫球蛋白（如IgA）、乳鐵蛋白、溶菌酶和白血球等，能保護寶寶免疫系統，配方奶則缺乏這些活性免疫成分。

  5. 消化與餵養頻率：母乳因分子小易消化，寶寶消化快需較頻繁餵食；配方奶消化較慢，餵奶間隔時間較長。

總體而言，母乳在營養完整性和生物活性方面優於配方奶，但配方奶經過多年改良，能提供均衡且接近母乳的基本營養，適合母乳不足或無法哺乳的情況。