羊奶配方與牛奶配方的主要差異在於蛋白質結構、脂肪顆粒大小及礦物質含量，這些差異影響消化吸收及過敏反應。羊奶的蛋白質中α-酪蛋白含量較低，且以β-酪蛋白為主，凝乳較細嫩，消化率高（約94%以上），較不易引起過敏反應；脂肪顆粒較小，含較多中鏈脂肪酸，易於消化吸收並促進代謝。羊奶的礦物質（如鈣、鉀、鎂）及維生素（如葉酸）含量也略高於牛奶。

優點方面，羊奶配方較適合消化不良、乳糖不耐或對牛奶蛋白過敏的嬰幼兒，因為其蛋白質結構與母乳較相似，且脂肪易吸收；缺點是羊奶價格通常較高，且營養成分差異不大，並非所有人都適合羊奶。牛奶配方則因含α-酪蛋白較多，凝乳較硬，消化較慢，且較易引起過敏，但價格較親民且普及。

所以，羊奶配方在消化性和過敏性方面有優勢，適合特定需求族群；牛奶配方則較為普遍且成本較低，兩者營養成分差異不大，選擇時可依個人體質和需求決定。