能恩水解與雀巢寶兒水解兩者的主要差異在於益生菌的添加與配方細節。能恩水解茁悅3採用獨家歐美雙專利精準水解胜肽科技，並結合LR羅伊氏菌與FOS/GOS消化纖維，強調幫助消化健康與腸道舒適，且含有豐富的關鍵營養素如鋅、鐵、鈣、鎂、DHA及維生素D，有助寶寶成長與腦部發育。

雀巢寶兒水解則特別添加了B.Lactis比菲德氏活性益菌，強化腸道好菌的豐富度與儲存，促進消化吸收順暢，並採用衛生福利部認可的「精準定位水解技術」與「專利活性胜肽」，同時升級晶亮A+B配方，支持寶寶視力發展。

此外，有使用者指出兩者成分非常相似，寶兒水解多了一種益生菌，建議可選擇能恩水解並自行添加益生菌以達到相似效果。

所以，兩款水解奶粉都採用水解蛋白技術，主要差異在於益生菌種類與配方強調的營養素略有不同，能恩水解偏重於多種益菌與消化纖維的組合，寶兒水解則強調比菲德氏活性益菌與視力營養的升級。