無腐蝕性水垢清潔劑的使用方法通常是將清潔劑依照產品說明稀釋（例如1:1至1:10比例），然後將溶液塗抹或噴灑於有水垢的表面，靜置數分鐘讓其浸潤水垢，再用刷子或抹布輕輕刷洗，最後以清水沖洗乾淨。若用於管路清潔，則可將稀釋後的清潔劑注入管路內，停置至少一小時，再排掉髒水並以熱水沖洗，重複沖洗程序確保水垢完全去除。

使用無腐蝕性水垢清潔劑時的注意事項包括：

  1. 穿戴手套以保護皮膚，避免直接接觸清潔劑。
  2. 避免與其他化學品混合使用，以免產生有害反應。
  3. 使用時保持通風良好，避免吸入揮發氣體。
  4. 清潔過程中避免清潔劑乾燥在表面，應保持濕潤狀態以達最佳效果。
  5. 清潔後務必用大量清水沖洗，避免殘留影響設備或表面。

此外，無腐蝕性水垢清潔劑多以微生物酵素為主體，安全且不傷人體肌膚，且符合食品安全及皮膚接觸安全規範，使用後可自然分解，不會對環境造成負擔。