台南火鍋店的湯底種類多元且具有地方特色，常見的湯底包括胡椒豬骨湯、老甕酸菜魚鍋、汕頭扁魚沙茶湯底、麻辣鍋、牛奶鍋、酸白菜鍋、剝皮辣椒雞湯、起司牛奶湯以及南部特色的西瓜綿湯等。

具體特色如下：

  1. 胡椒豬骨湯：帶有濃郁胡椒香氣，微辣但不刺激，口感順口且暖胃，適合喜歡微辣風味的食客。

  2. 老甕酸菜魚鍋：湯色誘人，酸香味十足且帶有淡淡辣感，酸菜味道平衡不死鹹，能解膩，搭配牛肉和魚片風味絕佳。

  3. 汕頭扁魚沙茶湯底：以扁魚熬製，搭配手工沙茶醬，湯頭鮮美，為高雄老字號火鍋品牌來台南的招牌湯底，適合喜愛潮汕風味的顧客。

  4. 麻辣鍋：經典且人氣高，辣味濃郁，適合喜歡重口味的食客，常與酸白菜鍋搭配，涮肉與海鮮皆宜。

  5. 牛奶鍋：湯頭滑順香濃，口感溫和，適合不吃辣或喜歡奶香味的顧客。

  6. 酸白菜鍋：酸味明顯，湯頭隨煮食時間越久越香甜，搭配海鮮能提升鮮味層次。

  7. 剝皮辣椒雞湯：帶有剝皮辣椒的香辣味，結合雞湯的鮮甜，屬於較具地方特色的湯底。

  8. 起司牛奶湯：結合起司與牛奶的濃郁口感，創新且受歡迎。

  9. 西瓜綿湯：南部特色湯底，以發酵西瓜綿為基底，酸中帶甜，搭配海鮮更鮮甜且熱量低，適合女性顧客。

此外，有些火鍋店提供多種湯底選擇，並設有自助加湯服務，讓顧客能持續享受濃郁湯頭。台南火鍋湯底不僅注重口味層次，也融合了地方食材與特色，滿足不同顧客的需求。