母乳較易消化且較少引起寶寶吐奶和脹氣，配方奶則因蛋白質組成和消化特性，較可能導致消化不適和吐奶。

具體來說，母乳中的蛋白質以高乳清、低酪蛋白為主，含有多種抗體因子，有助於寶寶腸胃道的發育與保護，且脂肪成分中含有促進大腦發育的Omega-3脂肪酸及解脂酶，能幫助脂肪消化，減少脹氣和吐奶的機率。母乳的分子結構使其在腸胃中消化速度快，吸收效率高，餵奶頻率也較高。

相較之下，配方奶的蛋白質主要是酪蛋白，必需胺基酸較少且較難被腸胃吸收，容易增加腸胃負擔，導致脹氣、腸絞痛及吐奶。配方奶在腸胃中消化時間約為母乳的兩倍，且較常見排便不順的情況。為改善這些問題，有些配方奶採用「酸化凝乳」技術，使蛋白質質地更細軟，促進消化吸收，減少吐奶。另外，對牛奶蛋白不耐受的寶寶，建議使用「精準定位水解配方」，將蛋白質分解成小分子，降低腸胃負擔，改善吐奶情況。

所以，母乳因其成分和結構更適合新生兒腸胃，較不易引起消化不良和吐奶；配方奶則需透過特殊技術調整蛋白質結構，才能減少對寶寶腸胃的刺激。