部分水解配方奶與完全水解配方奶的主要差異在於蛋白質水解的程度及其用途：

項目 部分水解配方奶 完全水解配方奶
蛋白質水解程度 蛋白質被部分分解成較小的肽鏈，但仍保留部分較大分子 蛋白質被完全分解成非常小的肽鏈或氨基酸
適用對象 用於降低嬰兒未來發生牛奶蛋白過敏的風險，作為預防性配方 用於已經出現牛奶蛋白過敏症狀的嬰兒治療
過敏預防效果 有助於降低過敏機率，但不一定能誘發口服免疫耐受性 用於治療已確診的牛奶蛋白過敏，效果較明顯
口感風味 味道較接近一般奶粉，口感較佳 味道較苦澀，口感較差

具體來說，部分水解奶粉是將牛奶蛋白質部分分解，降低蛋白質分子大小，使嬰兒較不易產生過敏反應，適合用來預防過敏，但不適合用於已經有過敏症狀的嬰兒。完全水解奶粉則是將蛋白質完全分解成非常小的肽鏈或氨基酸，適合用於已經發生牛奶蛋白過敏的嬰兒，能有效減少過敏反應。

此外，研究指出，水解奶粉在預防異位性皮膚炎方面有一定效果，但對氣喘和過敏性鼻炎的預防效果則不明顯，且相關結論仍有爭議。

總結來說，部分水解奶粉主要用於過敏預防，口感較好；完全水解奶粉用於過敏治療，蛋白質分解更徹底，但口感較差，家長選擇時可依嬰兒的過敏狀況及醫師建議來決定。